A Câmara de Graduação, é um órgão consultivo e deliberativo, vinculado à Congregação da Escola Paulista de Medicina e à Pró-Reitoria de Graduação da Universidade Federal de São Paulo, com o objetivo de propor, planejar e coordenar as políticas e as ações da graduação da Escola Paulista de Medicina, submetendo-as aos órgãos competentes, segundo o Regimento Interno desta Câmara e o Regimento Interno da Pró-Reitoria de Graduação (ProGrad/UNIFESP).
É dirigida por um presidente, indicado pelo diretor(a) da Escola Paulista de Medicina e homologado pela Congregação.
A composição da Câmara, conta obrigatoriamente com coordenadores de curso e outros membros a serem definidos pelo seu regimento interno, sendo contemplada a participação de todas as instâncias envolvidas na graduação.
A Secretaria de Graduação da EPM tem como objetivo a organização e manutenção dos registros acadêmicos do estudante, desde sua admissão após seleção em processo vestibular, até a sua integralização, mediante a conclusão do curso.